‘’भारत और भूटान दोनों ही देशों में बहने वाली उभयनिष्ठ नदियों पर जल –मौसम विज्ञान एवं बाढ़ पूर्वानुमान नेटवर्क की स्थापना के लिए व्यापक योजना’’ नामक एक योजना परिचालन में है। इस नेटवर्क में भूटान में 32 जल-मौसम विज्ञान/ मौसम विज्ञान केन्द्र अवस्थित हैं जिनकी देखरेख भूटान की रॉयल गवर्मेंट द्वारा की जा रही है और इसका वित्त पोषण भारत द्वारा किया जा रहा है। इन केन्द्रों से प्राप्त आंकड़ों को बाढ़ पूर्वानुमान के निरूपण के लिए भारत द्वारा उपयोग किया जाता है ।
भूटान से शुरू होने वाली और भारत आने वाली नदियों द्वारा उत्पन्न बाढ़ की समस्याओं से जुड़े मुद्दे को रॉयल गवर्नेंट ऑफ भूटान के साथ उठाया गया। बाढ़ संबंधी एक संयुक्त विशेष समूह (जेजीई) का गठन भारत और भूटान के बीच किया गया ताकि भूटान के दक्षिणी तराई क्षेत्रों में बाढ़ के बार बार आने और अपरदन होने से होने वाले संभावित प्रभावों पर चर्चा करें और दोनों ही सरकारों को उपयुक्त और परस्पर स्वीकार्य उपचारात्मक उपाय की सिफारिश करें।